仔細探究「生態工程」所強調的目標，除了促進產業及經濟發展外，更在創造優質永續的生活環境。因此，生態工程即在推動，所有的公共工程應融合生態系統與工程技術，從問題根源著手，兼顧環境的永續經營。而實際的作法是，除了考量原有的功能、安全之外，並且更要對環境、生態、景觀、甚至文化等進行考量，以促使硬體工程建設與整體環境相融合，並維護生物多樣性。

自921大地震之後，生態工程開始應用於災區的土石流、崩塌地的整治，並且逐漸推廣至河溪整治、道路工程等。更名後的生態工程，將工程考量範圍延伸擴展至對整體環境、生態與文化，在推動經濟與生態的發展上皆能兼顧，達到人與自然的永續和諧。